Inštitut za javno upravo ima dolgoletno raziskovalno tradicijo. V prvih dveh letih svojega nastanka (1956-1958) je IJU deloval predvsem na področju pedagoške in svetovalne dejavnosti. IJU je dobil status znanstvenega zavoda leta 1958, od takrat naprej pa se je vedno bolj usmerjal tudi v raziskovalno dejavnost.

Od začetka razvoja raziskovalne dejavnosti pa do danes, je IJU izdelal vrsto raziskav s področja državne uprave, lokalne samouprave, gospodarskih in negospodarskih javnih služb, nevladnih organizacij, prava varstva okolja, vodnega prava, urejanja prostora, energetskega gospodarstva, komunalnega gospodarstva, prestrukturiranja javnega sektorja, idr….